Aunque a finales del 1600 existían 18 teatros en Venecia, el Teatro Malibran conquistó en seguida un lugar primario de interés en el público veneciano siendo el “más grande, más bello y el más lujoso de la ciudad” (J.C. Cramailles, 1683).
Después de la ocupación francesa en Venecia, fue de los pocos teatros venecianos que permaneció abierto. En el 1819 fue vendido a los Giovanni Gallo, quienes en el 1834 lo restauraron, nombrándolo por primera vez Teatro Emeronito (ya que permanecía abierto sea de día que de noche) y la segunda vez en el 1835, cono Teatro Malibran , como signo de gratitud hacia Maria Malibran, la gran cantante que el 8 de Abril del mismo año, en el mismo teatro, interpretó “La Sonámbula” renunciando a su compensación. En el 1849 con el regreso de los austriacos a Venecia, después de la famosa resistencia de la ciudad que duró casi un año, todos los grandes teatros del Veneto cerraron por protesta, a excepción del Malibran.
Después de innumerables cierres y reaperturas, en el 1992 el Municipio de Venecia compró el Teatro y después de restaurarlo y ampliarlo, lo abrieron nuevamente convirtiéndolo actualmente en la segunda sede de la Fenice (después de la reapertura del 2001).